Pendidikan Pondok di PONPES HPAIC Merapi berfokus pada pengajaran agama Islam / Ilmu al quran yang komprehensif dan mendalam, yang melengkapi pendidikan formal. Program ini mencakup berbagai aspek ilmu keislaman dan kehidupan pesantren yang bertujuan untuk membentuk karakter santri yang berakhlak mulia dan taat beragama.

• Diniyah Wustho (Tingkat Menengah):
  • Program lanjutan yang lebih mendalam, mencakup studi tafsir, hadis, ilmu fiqih, dan ushuluddin.
  • Santri pada jenjang ini juga mulai mempelajari bahasa Arab secara lebih intensif untuk memahami teks-teks keagamaan dalam bahasa aslinya.

• Diniyah Ulya (Tingkat Lanjutan):
  • Program lanjutan yang lebih mendalam dan spesifik, meliputi studi lanjut tafsir Al-Qur'an, ilmu hadis, ushul fiqih, dan pemikiran Islam.
  • Santri diajak untuk melakukan penelitian kecil dalam bidang keislaman dan menyusun karya tulis ilmiah berbasis kajian keagamaan.
  • Fokus juga diberikan pada pengembangan keterampilan dakwah dan bimbingan untuk menjadi pemimpin komunitas yang berlandaskan nilai-nilai Islami.
• Program Tahfizul Quran:
  • Program khusus untuk menghafal Al-Qur'an 30 juz dengan bimbingan intensif dari para hafiz yang berpengalaman.
  • Santri yang mengikuti program ini juga mendapatkan pelajaran tentang tafsir dan tajwid untuk memahami dan mengamalkan isi Al-Qur'an dengan benar.
  • Metode yang digunakan mencakup muraja'ah (mengulang hafalan), sima'an (penyetoran hafalan kepada pembimbing), dan tadarus bersama.